Olá Eduardo, tudo bem?
Mesmo sem movimento, a empresa precisa entregar as obrigações acessórias antes da baixa, como não foi enquadrada no Simples Nacional, teoricamente está no Lucro Presumido.
O correto seria então:
Consultar o e-CAC para verificar pendências federais;
Verificar pendências estaduais e municipais, se houver;
Entregar as declarações obrigatórias sem movimento.
Em geral, serão exigidas:
eSocial;
DCTFWeb;
SPED Contribuições (PIS e COFINS), conforme o caso pode haver outras também.
Somente após a regularização dessas obrigações é possível realizar a baixa do CNPJ.
Espero ter ajudado.