Olá, Viviane! Tudo bem?
Acredito que sim, ela consegue abrir um novo CNPJ.
Porém, é muito importante orientar a cliente que, embora seja possível realizar a baixa da empresa mesmo com débitos, essas dívidas não são extintas e continuam vinculadas ao CPF dos sócios/responsáveis pelo CNPJ.
Antes de realizar a baixa, é recomendável:
Entregar todas as declarações acessórias pendentes;
Avaliar a possibilidade de parcelamento dos débitos, mesmo que não haja quitação imediata.
Também é preciso ter cuidado para não caracterizar sucessão empresarial (mesma atividade, mesmo endereço, mesmos clientes, mesmo nome fantasia, etc.)..
Em alguns casos, dependendo do volume da dívida, vale analisar com mais cautela a melhor estratégia antes ou depois da baixa.
Espero ter ajudado.