Olá Maria
Para encerrar uma empresa que possui imóvel registrado no CNPJ, é necessário primeiro retirar esse bem da pessoa jurídica, pois não é permitido dar baixa em empresa com patrimônio ativo. Esse imóvel deve ser destinado corretamente no processo de dissolução, podendo ser transferido aos sócios como parte da liquidação (distribuição de bens) ou vendido a terceiros antes do encerramento. Em ambos os casos, há possíveis impactos tributários, como ganho de capital, além de custos cartoriais e eventual incidência de ITBI, dependendo da operação e do município. Portanto, não é viável nem seguro encerrar a empresa mantendo o imóvel em seu nome, sendo indispensável regularizar a destinação desse ativo antes da baixa do CNPJ.
Espero ter ajudado.