Baixa de CNPJ com pendências

Olá!

Como solucionar pendências de um CNPJ baixado?
Contexto: Um empresário quer urgentemente dar baixa em seu CNPJ que acumulou inúmeras pendências e até um desenquadramento por ato administrativo, ou seja, antes era MEI e agora é ME.
Considerando que para o envio de algumas obrigações (Dctf, DCTFWeb, ECF, EFD Contribuições, dentre outras)  é necessário o Certificado Digital. Me pergunto sobre como fazer tal certificado após a baixa deste CNPJ!
Enfim, como proceder diante desse caso, é possível encerrá-lo mesmo assim e regularizar essas pendências depois sem nenhum impedimento?