Olá! Se a empresa foi desenquadrada, a baixa deve ser feita pela Junta Comercial como uma empresa normal.
A morte do empresário acarreta a extinção da empresa, ressalvada a hipótese de sua continuidade por autorização judicial ou sucessão por escritura pública de partilha de bens.
Enquanto não houver homologação da partilha, o espólio é representado pelo inventariante, devendo ser juntada a respectiva certidão ou ato de nomeação de inventariante ao documento a ser arquivado.
(Instrução Normativa Drei nº 81/2020 , Anexo II - Manual de Registro de Empresário Individual, subitem 4.3)
Espero ter ajudado!