Olá Juliana
A empresa pode ser baixada mesmo possuindo processos judiciais em aberto ou processo administrativo de ICMS, pois a baixa do CNPJ e da inscrição estadual não extingue automaticamente débitos, autos de infração, execuções fiscais ou ações judiciais. Os processos continuam tramitando normalmente, podendo o crédito tributário ser posteriormente inscrito em dívida ativa e cobrado judicialmente.
Em casos de ICMS, o Estado pode inclusive redirecionar a cobrança aos sócios e administradores, principalmente quando houver indícios de dissolução irregular, encerramento sem comunicação formal, ausência de escrituração contábil, fraude, esvaziamento patrimonial ou ICMS declarado e não recolhido.
Por isso, é fundamental que a baixa seja feita de forma regular, com distrato social, balanço de encerramento, entrega das obrigações acessórias e guarda da documentação contábil e fiscal. A baixa regular reduz riscos de responsabilização pessoal dos sócios, mas não elimina a possibilidade de cobrança futura de passivos tributários ou discussões judiciais já existentes.
Espero ter ajudado.