Olá Luana
Para encerrar as empresas, o caminho normalmente é simples:
Fazer o distrato social, informando que um dos sócios faleceu e que o inventariante representa o espólio dele. O distrato deve ser assinado pelos sócios e pelo inventariante.
Gerar o DBE na Receita Federal com o evento 517 – Baixa da matriz (na maioria dos casos não precisa alterar o QSA antes).
Protocolar na JUCEMAT o ato de Extinção/Distrato, anexando:
Distrato social assinado
DBE deferido
Certidão de óbito do sócio
Escritura de inventário ou documento que comprove o inventariante
Documentos dos assinantes
Depois que a Junta aprovar, o CNPJ é baixado. Mesmo que a empresa esteja suspensa ou tenha débitos, isso normalmente não impede o encerramento.
Espero ter ajudado.