Olá Michele
Se você baixar o CNPJ sem entregar as declarações pendentes, essas obrigações não desaparecem. A Receita Federal continua entendendo como omissão de entrega, gerando multas automaticamente, mesmo sem movimento. Além disso, esses débitos podem ser inscritos em dívida ativa e, em alguns casos, podem ser transferidos para o CPF do responsável, gerando problemas futuros como restrições e dificuldade para obter certidões negativas.
O caminho mais seguro é: entregar as declarações sem movimento, gerar as multas e depois baixar o CNPJ com a situação regularizada, evitando risco para o cliente.
Espero ter ajudado.

