Olá Natanael
Se a empresa conseguiu emitir CND mesmo com as multas (MAED), isso significa que os débitos estão com exigibilidade suspensa, então a baixa do CNPJ pode ser feita sem impedimento no momento. Porém, essas multas não deixam de existir, elas apenas não estão sendo cobradas agora.
Ou seja, não é obrigatório pagar antes da baixa, mas existe risco futuro, porque se essa suspensão acabar (por exemplo, após o prazo), a dívida pode ser cobrada normalmente, inclusive dos sócios.
Portanto, o caminho mais seguro é avaliar o valor das multas, orientar formalmente o cliente sobre esse risco e decidir estrategicamente se vale a pena quitar antes ou seguir com a baixa assumindo essa possível cobrança futura.
Espero ter ajudado.

