Olá Alyson
Sim, na prática, para a baixa de Empresário Individual em SP via REDESIM/Coletor Nacional, o sistema pode exigir certificado digital (e-CNPJ ou e-CPF) em determinados cenários. Mesmo que você não tenha selecionado a opção de certificado digital no Coletor Nacional, a validação final da Junta/REDESIM pode exigir assinatura digital para concluir o evento. Por isso, recomendo solicitar o certificado digital, pois sem ele a tendência é continuar indeferindo.
Espero ter ajudado.