Olá Daniel, tudo bem?
Como você já entregou as declarações e as pendências saíram do relatório, já pode prosseguir com a baixa, sem obrigatoriamente precisar aguardar a atualização cadastral. Só vale acompanhar depois se a Receita processa a reversão da inaptidão e manter guardados os comprovantes das transmissões e do protocolo da baixa.
Espero ter ajudado.