Olá Viviana
Sim, você pode dar baixa no CNPJ mesmo existindo débitos. A legislação permite a baixa independentemente de pendências tributárias, sendo que a dívida permanece vinculada ao CPF do titular e poderá ser cobrada posteriormente.
Quanto à notificação de Autorregularização da SEFAZ/MT, é importante entender que nem todo aviso significa débito já constituído. Pode se tratar de inconsistência apurada por cruzamento de notas fiscais, omissão de faturamento, divergência cadastral ou eventual ICMS não recolhido (inclusive situações como DIFAL ou ICMS-ST, mesmo sendo MEI). Débitos de DAS aparecem no e-CAC porque são federais, mas eventuais pendências de ICMS aparecem apenas no sistema da SEFAZ estadual.
Se no Relatório de Situação Fiscal do e-CAC constam apenas DAS em atraso, pode ser que a notificação estadual esteja relacionada a ICMS ou a alguma obrigação acessória. O ideal é acessar o Domicílio Tributário Eletrônico ou o sistema de processos da SEFAZ MT com certificado digital ou procuração estadual. Caso não consiga visualizar o débito, é recomendável abrir atendimento eletrônico solicitando cópia integral da notificação para identificar período, fundamento legal e valor envolvido.
Espero ter ajudado.
