Olá Francisco
De forma resumida, a filial não possui capital social próprio, pois o capital social pertence à empresa como um todo. Assim, o valor de R$ 50.000 informado na abertura da filial só deve ser lançado na conta de Capital Social da empresa se houver uma alteração contratual aumentando o capital social total da sociedade. Se esse valor foi apenas indicado para a filial, sem aumento do capital social registrado na Junta Comercial, ele tem caráter apenas representativo e não gera lançamento de aumento de capital na matriz. Portanto, o ponto principal é verificar se a alteração contratual modificou o capital social total da empresa; se não modificou, não há lançamento de capital social a ser feito na matriz.
Espero ter ajudado.