Olá Ivan
O indeferimento ocorre porque, no DBE, o sistema compara o capital social total com a soma das quotas distribuídas entre os sócios. Mesmo sendo apenas um sócio, é obrigatório informar o valor total e distribuir 100% para ele.
No seu caso, como a empresa está sendo transformada de MEI para LTDA, deve constar apenas o novo capital social (R$ 2.000,00) o valor anterior de R$ 1.000,00 não entra mais no DBE, pois essa informação já fica registrada no histórico da empresa.
No QSA você informa o valor de R$ 2.000,00 e 100% do Capital social.
Espero ter ajudado.