Olá Luis. Bom dia.
Como se trata de comprovar um fato negativo (a não existência do registro), esse documento não é emitido de forma automática ou eletrônica pela internet. Você precisará formalizar um processo administrativo específico junto à Receita Federal.
Essa é uma situação clássica e burocrática de "limbo cadastral" que costuma acontecer com estabelecimentos abertos antes da criação do CNPJ moderno (instituído em 1998) ou até mesmo do antigo CGC. Como a Jucesp possui o registro da criação dessas filiais em 1979 em suas fichas de breve relato/microfilmagens, ela exige a comprovação de que o braço federal nunca foi gerado para poder efetivar a baixa.
Você precisará montar um dossiê robusto para que o auditor da Receita Federal possa validar que o cadastro realmente nunca existiu. Reúna:
Requerimento Formal: Uma petição direcionada ao Ilustríssimo Senhor Delegado da Receita Federal do Brasil da sua jurisdição. O texto deve ser simples, identificando a Matriz (Razão Social, CNPJ atual), relatando que as filiais foram criadas em 1979 conforme atos arquivados na Jucesp sob os NIREs/números de registro específicos, detalhando os endereços dessas filiais na época, e solicitando expressamente a "Certidão de Inexistência de Inscrição no CNPJ" para fins de regularização/baixa na Junta Comercial.
Atos Societários: Cópia do Contrato Social de constituição ou da Alteração Contratual de 1979 que criou as filiais (se possível, autenticada ou com o selo digital/certidão de inteiro teor da Jucesp).
Ficha Cadastral da Junta: Certidão de Breve Relato ou Ficha Cadastral Completa da Jucesp onde aparecem as filiais listadas e a respectiva exigência.
Documentos do Responsável: Cópia do RG/CPF do sócio administrador responsável pela Matriz perante o CNPJ.
Procuração: Se você (ou outro profissional) estiver assinando o requerimento, anexe a procuração por instrumento público ou particular com firma reconhecida (ou procuração eletrônica via Gov.br).
Atualmente, a Receita Federal restringe ao máximo o atendimento presencial para Pessoas Jurídicas. O caminho correto e mais ágil para protocolar esse pedido é através do Portal e-CAC:
1.Acessar o e-CAC:Via Gov.br (Prata ou Ouro).
Entre no portal e-CAC utilizando as credenciais da empresa (certificado digital da matriz ou via conta Gov.br do sócio responsável).
2.Abrir um Processo Digital:Processos Digitais (e-Processo).
No menu principal, clique em "Legislação e Processos" e selecione a opção "Processos Digitais (e-Processo)". Em seguida, clique em "Solicitar Serviço via Processo Digital".
3.Selecionar a Área de Concentração:Triagem Correta.
Escolha a área de concentração correspondente a "Cadastro" e, no tipo de serviço, selecione algo correlato a "Inscrever, Alterar ou Baixar CNPJ" ou "Atendimento Geral de Cadastro" (as nomenclaturas podem sofrer pequenos ajustes do sistema, mas o foco é a malha de Cadastro da PJ).
4.Anexar os Documentos:Arquivos em PDF.
O sistema gerará um número de processo. Vá em "Adicionar Documentos" e junte o Requerimento (classificado como "Petição"), os atos da Jucesp, os documentos de identificação e a procuração. Certifique-se de salvar os arquivos em PDFs separados e nomeados claramente.
Após o protocolo, o processo será distribuído para a equipe de cadastro da Receita Federal. O auditor fará buscas nos sistemas internos pelo nome empresarial antigo, endereço e dados de constituição da época.
Confirmado que o estabelecimento de fato nunca teve inscrição ativa, baixada ou suspensa na base de dados federal, eles emitirão a certidão em formato digital (geralmente anexada como despacho resolutivo dentro do próprio processo eletrônico no e-CAC).
Espero ter ajudado.