Olá Graziele
Você pode sim conduzir o processo de abertura na JUCESP utilizando o seu certificado digital como contador para transmitir a documentação, desde que o ato constitutivo esteja devidamente assinado pelo sócio, pois essa assinatura não pode ser substituída pela sua.
O cliente não é obrigado a ter e-CPF, mas ainda assim precisará assinar e a melhor alternativa hoje é a assinatura via GOV.BR (nível prata ou ouro), que é aceita pela Junta Comercial de SP e evita impressão, reconhecimento de firma e digitalização.
Na prática, o fluxo mais eficiente é: você prepara todo o processo, o cliente assina digitalmente pelo GOV.BR, e você faz a transmissão com seu certificado garantindo um processo 100% digital, rápido e profissional.
Espero ter ajudado