Boa tarde, Carla
Tudo bem?
Não é o ideal e pode gerar problema, mesmo tendo um médico-veterinário responsável, se a empresa:
aplica vacinas
administra medicamentos
ou presta qualquer tipo de serviço clínico
Isso caracteriza atividade veterinária, que deveria estar prevista no objeto social e refletida no CNAE.
Mesmo que quem aplica seja o veterinário e não o hotel, se o serviço é oferecido dentro do hotel e vinculado ao cliente do hotel, o entendimento comum da fiscalização é:
A empresa está exercendo atividade veterinária, ainda que por meio de profissional habilitado.
Espero ter ajudado, e estou a disposição.