Olá! Boa tarde.
Entendo que seria o correto incluir ambos os CNAE, porem recomento que faça uma pesquisa diretamente na prefeitura da sua cidade, pois as atividades incluídas sempre ficam sujeitas a fiscalização e a inclusão ou não de CNAE divergentes das atividades efetuadas pode causar problemas no futuro, além de poder interferir no valor do alvará da sua cliente.
Além disso recomendo o contato diretamente com o conselho de classe para ter um apoio na opção escolhida.
Espero ter ajudado.