Olá Amanda, tudo bem?
Ele deve solicitar o cadastro na Secretaria Municipal de Saúde da cidade onde a clínica está localizada.
Geralmente são exigidos:
CNPJ da clínica
Contrato social
Alvará sanitário / licença da vigilância sanitária
Dados do responsável técnico (CRO)
Documentos pessoais do proprietário
Informações do estabelecimento (endereço, horários etc.)
A própria Secretaria registra a clínica no sistema do CNES e libera o número.
Espero ter ajudado.