Olá Otávio
Você pode sim abrir o CNPJ do mini-mercado mesmo sem o cliente ter um ponto definido, utilizando um endereço provisório (como residencial, do contador ou escritório virtual, desde que permitido pela prefeitura e com contrato válido), com a consciência de que esse será um endereço temporário apenas para viabilizar o início da empresa (propostas, negociações, etc.).
Quando o cliente definir o local definitivo, você fará normalmente a alteração de endereço na Junta, Receita e demais cadastros, além de providenciar alvará, vigilância sanitária e inscrição estadual conforme o novo ponto.
Quanto à expansão, ele não precisa abrir outro CNPJ: pode utilizar o mesmo, criando filiais para cada novo mini-mercado, o que inclusive é o caminho mais comum e organizado; um novo CNPJ só faria sentido em casos estratégicos específicos.
Espero ter ajudado.
