Olá Suzane, tudo bem?
Em muitos casos é possível dar continuidade ao processo já iniciado, desde que a viabilidade e os protocolos ainda estejam válidos e não tenham sido indeferidos de forma definitiva. O ideal é verificar a situação da viabilidade na JUCERJA e da DBE junto à Receita Federal.
Se os erros estiverem apenas na DBE e no contrato social, normalmente é possível corrigir e reenviar os documentos sem necessariamente iniciar todo o processo do zero. Já se a viabilidade estiver vencida, indeferida ou contiver informações incompatíveis que não permitam correção, poderá ser necessário abrir uma nova viabilidade.
Quanto às taxas da JUCERJA, a necessidade de novo pagamento dependerá da situação do processo e da possibilidade de reaproveitamento dos protocolos já pagos. Antes de reiniciar o processo, vale consultar o status dos protocolos para evitar custos desnecessários.
O fato de ela já possuir Alvará de Licença para o endereço e atividade é um ponto positivo, mas não dispensa a regularização das etapas de registro da empresa.
Espero ter ajudado