Olá @Natanael Oliveira Dos Santos , boa tarde! Você deve emitir um Relatório de Pendências no Ecac para verificar quais são as declarações que estão pendentes de envio. Você já emitiu esse relatório?
Após a emissão, faça a devida regularização e somente depois faça a baixa da empresa.
A opção pelo regime de tributação com base no lucro presumido é manifestada com o pagamento da primeira ou única quota do imposto devido, correspondente ao primeiro período de apuração de cada ano-calendário.
Se não houve pagamento, a empresa está sem regime escolhido no momento.
Espero ter ajudado!