Olá Mayara
A situação precisa ser ajustada porque há risco de a Receita Federal entender a distribuição de lucros como remuneração disfarçada, já que existe prestação de serviços sem retirada de pró-labore.
O sócio que é servidor público pode, dependendo do regime, ter restrição para receber pró-labore, mas pode continuar recebendo lucros normalmente se não atuar na operação. Assim, a forma mais segura de regularizar sem alterar o contrato social é instituir pró-labore apenas para o sócio que efetivamente trabalha, com a devida tributação (INSS e IR, se aplicável), e manter a distribuição de lucros proporcional à participação societária (50% para cada), com base em resultado contábil regular.
A eventual diferença financeira entre eles não é problema jurídico, pois pró-labore é remuneração pelo trabalho e lucro é retorno do capital; se quiser equalizar valores, isso pode ser feito informalmente entre os sócios ou via ajustes financeiros, sem necessidade de mexer no contrato. O ponto central é garantir que exista pró-labore para quem trabalha e que os lucros distribuídos tenham lastro contábil, evitando riscos fiscais e previdenciários.
Espero ter ajudado.