Olá, Boa noite.
Entendo que nesse caso o único caminho seja através de processo ECAC, porem recomendo que primeiramente tenha todos os documentos que comprovem o erro no desenquadramento, e que primeiramente entre em contato com o fale conosco da receita, pois processos podem demorar e enquanto isso a empresa vai continuar com problemas podendo até perdei o SN.
Espero ter ajudado.