Olá Regiane
Sim, é perfeitamente possível que o dentista proprietário da clínica tenha seu próprio CNPJ e que os demais dentistas que atendem no local também possuam seus próprios CNPJs, mesmo utilizando o mesmo endereço, desde que isso seja permitido pelas normas municipais, sanitárias e pelo Conselho Regional de Odontologia. O ponto principal é definir a relação jurídica e operacional entre as partes. Se cada dentista atende seus próprios pacientes e emite suas próprias notas fiscais, a receita pertence a cada profissional, e o valor pago ao proprietário da clínica pela utilização da estrutura (consultório, recepção, equipamentos, secretária etc.) deve ser formalizado por contrato e documentado fiscalmente, podendo ser um valor fixo ou um percentual do faturamento.
Nesse caso, o percentual recebido pelo proprietário constitui receita da clínica e deve ser tributado normalmente. Por outro lado, se o paciente contrata a clínica e a nota fiscal é emitida pela clínica, toda a receita pertence inicialmente à clínica, que posteriormente remunera os dentistas mediante contratação e emissão de nota fiscal pelos serviços prestados. Para evitar riscos fiscais e trabalhistas, é fundamental que os contratos, a emissão das notas fiscais e o fluxo financeiro reflitam a realidade da operação, deixando claro quem presta o serviço ao paciente e qual é a natureza do valor repassado ao proprietário da clínica.
Espero ter ajudado.