Boa tarde Inubia, tudo bem?
Se o limite ultrapassado foi acima de 20% os impostos teria que ser apurados e pago de forma retroativa. Até 20% do limite do Mei é gerado uma guia com a diferença.
E sim vai dar divergência de informações.
Você pode cancelar o motivo do desenquadramento e selecionar o correto, a Receita Federal disponibiliza essa opção.
Espero ter ajudado.