Olá, @João Pedro Alves Correia Moreira, boa noite!
Eu, particularmente, prefiro regularizar a parte de registro, até porque geralmente não é demorada.
Mas você já pode ir transmitindo o PGDAS mesmo antes da finalização da Junta, já que a empresa está desenquadrada do MEI, a parte tributária não precisa ficar aguardando o registro empresarial concluir.
Só tenha atenção a um ponto importante: como o excesso foi superior a 20% do limite proporcional, o desenquadramento retroage para 01/01/2025.
Espero ter ajudado.