Olá Lyvian, tudo bem?
Para emissão de nota fiscal neste período de 2025, você precisará emitir pelo site da prefeitura.
Porém, para habilitar a emissão, geralmente as prefeituras exigem a inscrição municipal regular, alvará de funcionamento, entre outros alvarás (que a depender da atividade podem exigir). E para liberar todos estes, acredito que só conseguirá após finalizar o processo de alteração na junta comercial.
Recomendaria seguir com o processo de regularização na junta comercial, após isso entrar em contato com a prefeitura do seu cliente par verificar como proceder com a habilitação para emissão das notas fiscais.
Espero ter ajudado!

