Olá Daniel, tudo bem?
Nos casos de desenquadramento retroativo do SIMEI, os pagamentos realizados enquanto o contribuinte era MEI não ficam disponíveis para compensação automática, sendo necessário solicitar a liberação/restituição do crédito pelos canais da Receita.
Nesse caso terá que recolher os tributos apurados após o desenquadramento e posteriormente solicitar a restituição dos valores pagos indevidamente como MEI.
Espero ter ajudado.