Olá Julie
Pode dar baixa no CNPJ mesmo com DCTFWeb em atraso, porém não é recomendado. A baixa não elimina a obrigação de entregar as DCTFWeb nem as multas por omissão. Mesmo após a baixa, a Receita pode cobrar as multas e vincular ao CPF da sócia.
O procedimento mais seguro é:
Entregar todas as DCTFWeb sem movimento
Gerar e pagar as multas em até 30 dias (desconto de 50%)
Depois dar baixa na empresa.
Espero ter ajudado.