Olá Ricardo, tudo bem?
Esse tipo de divergência de status é comum em integrações entre órgãos (cartório, prefeitura e Receita Federal). O importante é verificar se todos os documentos obrigatórios foram emitidos (registro do RCPJ, CNPJ ativo e alvará válido). Se sim, o processo está regularizado, mesmo que o sistema da REDESIM não tenha atualizado automaticamente.
Espero ter ajudado.

