Olá Suely, tudo bem?
Mesmo ele tendo MEI ativo e participando de outra empresa, você pode dar baixa normalmente.
A legislação só impede manter o MEI nessa condição, mas não impede a baixa.
Confirme que a saída da sociedade já foi protocolada e faça a baixa pelo Portal do Empreendedor.
Depois disso, ele estará livre para abrir o novo CNPJ na atividade correta.
Em relação a sua 2° pergunta, não temos aulas tão específicas, mas vou deixar o link de uma aula para te auxiliar: https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121622-curso-basico-de-legalizacao-de-empresas/2921861-passo-a-passo-para-abertura-de-empresas-via-procedimento-tradicional
Espero ter ajudado.