Olá Suely
Quando na viabilidade aparece “MUNICÍPIO NÃO CONVENIADO”, significa que a prefeitura não está integrada à REDESIM, então o processo de abertura não será totalmente automatizado. Você pode seguir normalmente com o registro na Junta Comercial do Estado da Bahia e com a geração do CNPJ pela Receita Federal do Brasil, pois o CNPJ é liberado mesmo sem a participação do município; porém, a inscrição municipal, o alvará de funcionamento e eventuais licenças (como bombeiros e vigilância sanitária) deverão ser solicitados diretamente na prefeitura, de forma manual.
Isso exige atenção porque a empresa pode ficar com CNPJ ativo, mas irregular no município, impedindo emissão de nota de serviço e sujeitando-a a penalidades, sendo recomendável tratar essa etapa em paralelo e verificar previamente as exigências locais.
Espero ter ajudado.