Olá José
Quando uma empresa vence uma licitação, ela é a responsável direta perante o órgão público contratante. Isso significa que a execução deve ser feita pela empresa contratada, que responde técnica e juridicamente pelo serviço. A empresa pode subcontratar parte dos serviços, desde que o edital ou o contrato permita.
Não existe exigência legal de que os executores do serviço sejam empregados CLT da empresa vencedora. O que importa é que a empresa contratada cumpra as obrigações trabalhistas, previdenciárias e fiscais previstas no edital e no contrato e que o serviço seja executado conforme o objeto contratado e sob responsabilidade da empresa licitante.
Assim, você pode utilizar prestadores de serviço autônomos ou empresas terceirizadas.
Se a sua empresa da Bahia ganhou licitação em São Paulo pode designar prestadores de serviço autônomos ou terceirizados para executar o trabalho em SP. Não é obrigatório vínculo CLT, desde que haja contrato formal de prestação de serviços, além disso deve manter toda a documentação: contratos, notas fiscais, comprovantes de recolhimento, etc… disponível para eventuais auditorias do órgão público.
Espero ter ajudado.