Olá Caue
No caso da sua cliente, o e-CNPJ não é exatamente obrigatório hoje para as rotinas básicas, porque muita coisa ainda consegue ser feita via GOV.BR, PGDAS, emissão de NFS-e e DCTFWeb simplificada. Porém, na prática, ele acaba sendo muito útil e necessário, principalmente em BH, onde sistemas como o DECORT exigem certificado digital para acesso a comunicações, taxas e notificações da prefeitura.
Então, mesmo não sendo uma exigência imediata para esse perfil, eu recomendaria fazer sim, porque facilita bastante o acesso ao e-CAC, procurações eletrônicas, prefeitura, parcelamentos e futuras obrigações, além de evitar dor de cabeça quando a empresa crescer ou tiver funcionário.
Para esse tipo de empresa, o melhor custo-benefício costuma ser o e-CNPJ A1 (arquivo digital, validade de 1 ano), que é mais prático para escritório contábil e integração com sistemas; eu evitaria A3/token porque complica a operação sem trazer vantagem real.
Espero ter ajudado.