Olá Douglas
Em São Paulo, é possível sim iniciar um e-commerce em endereço residencial, tanto para inscrição estadual quanto municipal, desde que a atividade seja de baixo impacto. Na prática, isso funciona melhor quando a operação é mais leve, como vendas online sem atendimento ao público e com pouco ou nenhum estoque. O ponto crítico não é o endereço em si, mas o que realmente acontece nele, se houver movimentação intensa de mercadorias, estoque relevante ou logística frequente, podem surgir restrições da prefeitura, do zoneamento ou até do próprio condomínio.
Pensando na evolução do negócio, quando o cliente migrar para fabricação própria, o cenário muda bastante. Atividade industrial, mesmo que pequena, geralmente não é compatível com endereço residencial, principalmente por questões de zoneamento, ruído, estrutura e circulação. Ou seja, é muito provável que será necessário alterar o endereço no futuro para viabilizar essa etapa com segurança.
Sobre os CNAEs, a melhor estratégia não é antecipar tudo agora. Incluir indústria desde o início pode dificultar a viabilidade e até gerar indeferimentos, já que a atividade não condiz com o endereço. O mais seguro é começar apenas com CNAEs de comércio (e-commerce) e, no momento em que a operação industrial for real, fazer a alteração cadastral junto com a mudança para um local adequado.
Espero ter ajudado.