Olá Jéssica
Nesse caso, o problema ocorre porque, mesmo após a exclusão do MEI por falta de pagamento, o sistema da REDESIM ainda reconhece o CNPJ como originado de MEI e tenta forçar a baixa pelo Portal do Empreendedor, que já não permite mais o procedimento após o desenquadramento.
Para resolver, o caminho prático é tentar prosseguir no integrador marcando que não possui NIRE, evitando o vínculo com o fluxo de MEI; se o sistema continuar travando, o correto é protocolar a baixa como Empresário Individual diretamente na Junta Comercial ou abrir uma exigência informando que a empresa foi desenquadrada do MEI e não é mais possível realizar a baixa pelo portal.
Em alguns estados, a Junta ajusta isso manualmente. Sobre o certificado digital, você pode sim utilizar o seu, desde que tenha procuração válida no e-CAC, tanto para DBE quanto para DCTFWeb, ECF e demais obrigações, inclusive após a baixa, caso ainda existam pendências a serem transmitidas.
Espero ter ajudado