Olá Viviana, tudo bem?
Segundo orientação da Receita Federal, a baixa deve ser solicitada diretamente pelo e-CAC, sem geração de DBE pelo Coletor Nacional. Antes disso, é importante verificar se todas as pendências fiscais e obrigações acessórias foram regularizadas.
Caso o sistema não permita a baixa ou apresente alguma exigência, recomenda-se abrir um processo digital no e-CAC para análise do caso. Se ainda restarem dúvidas sobre o procedimento específico do seu CNPJ, uma boa alternativa é acionar o chat de atendimento da Receita Federal, que poderá orientar de acordo com a situação cadastral da empresa.
Espero ter ajudado.