Olá Fernanda, tudo bem?
Não há proibição para duas empresas no mesmo endereço. O problema é quando a SEFAZ entende que o endereço não está claramente individualizado.
Para liberar a IE, é preciso regularizar o endereço (100-A e 100-B) nos documentos e enviar à SEFAZ um comprovante que mostre que são unidades distintas (IPTU, contrato, planta/croqui). Depois, pedir a revisão da análise.
Espero ter ajudado.