Bom dia, Natália,
Sim, esse processo é perfeitamente possível de ser feito de forma totalmente online na Jucesp, e o mais interessante é que você pode fazer tudo isso em um único ato societário, sem precisar protocolar processos separados.
Na prática, o caminho é o seguinte: você elabora uma alteração contratual (se a empresa for uma sociedade limitada) ou uma ata, no caso de sociedade anônima, contemplando na mesma cláusula ou em cláusulas distintas do mesmo instrumento os dois eventos, ou seja, o encerramento das três filiais e a mudança de endereço da matriz. A Jucesp aceita e até recomenda que alterações concomitantes sejam feitas em um único documento, desde que estejam claramente descritas e identificadas, com o NIRE de cada uma das filiais que estão sendo baixadas e o novo endereço completo da matriz.
Todo o trâmite pode ser feito pelo portal da Jucesp, dentro do sistema Via Rápida Empresa, que é integrado ao Redesim. Você vai precisar de certificado digital ICP Brasil, do tipo e-CPF ou e-CNPJ, para assinatura de todos os sócios ou administradores que precisam constar no ato. O sistema gera automaticamente o DBE, que é o Documento Básico de Entrada, sempre que o ato envolve extinção de estabelecimento, já que isso reflete diretamente no cadastro da Receita Federal.
Um ponto importante é verificar se as filiais estão localizadas em outros estados ou apenas em São Paulo. Se todas estiverem em São Paulo, o processo fica mais simples, pois tudo é resolvido dentro da própria Jucesp. Caso alguma filial esteja registrada em outra unidade da federação, a baixa também precisa ser comunicada e averbada na junta comercial do estado onde ela está localizada, já que o sistema integrador nacional realiza essa comunicação entre as juntas, mas é sempre recomendável acompanhar se a baixa foi efetivamente processada do lado de lá também.
Antes de protocolar, vale a pena regularizar a situação fiscal de cada filial que será encerrada, verificando pendências de ICMS junto à Sefaz, cancelando as inscrições estaduais correspondentes e providenciando também o cancelamento dos alvarás e inscrições municipais, quando aplicável. Isso evita que fiquem pendências abertas depois que a baixa societária já tiver sido efetivada, o que pode gerar dor de cabeça mais para frente na hora de emitir certidões ou até de encerrar outras obrigações acessórias dessas filiais.
Depois de protocolado o ato na Jucesp e deferido pelo registro, a Receita Federal atualiza automaticamente o cadastro nacional, refletindo tanto a baixa dos estabelecimentos filiais quanto o novo endereço da matriz no CNPJ. Também é interessante confirmar, depois do deferimento, se o cartão CNPJ já está refletindo corretamente as mudanças, já que às vezes existe uma pequena defasagem entre o deferimento na junta e a atualização automática na base da Receita.