Olá, Lorrainy! Tudo bem?
Como a empresa não possui inscrição municipal nem estadual, realmente não há como obter informações diretamente junto à prefeitura ou à SEFAZ.
No entanto, no âmbito federal, você pode consultar a situação cadastral no cartão CNPJ da empresa. Nele constará se a empresa está ativa ou inapta.
Consulta de CNPJ – Receita Federal
Assim, como realizar a consulta da situação fiscal no E-cac.
Sobre as declarações federais entregues em atraso, sim, elas geram multa por atraso na entrega.
Se a empresa realmente permaneceu inativa durante o período (ou seja, sem movimentações, inclusive bancárias), ao enviar a DCTF Inativa, normalmente as pendências de declarações como ECF e EFD-Contribuições não são mais cobradas.
Entretanto, outras declarações ainda precisarão ser transmitidas, como a DCTFWeb e a SEFIP.
Meu conselho é que, conforme for realizando a regularização, consulte periodicamente a situação fiscal no e-CAC para verificar quais pendências ainda permanecem abertas.
Espero ter ajudado!