Olá Lorrainy
A empresa pode pedir baixa mesmo tendo dívidas, mas a Receita Federal pode cobrar os débitos no CPF do sócio(s).
Para regularizar, é obrigatório:
entregar todas as declarações atrasadas;
resolver os débitos do Simples Nacional (parcelando ou pagando);
regularizar as dívidas em Dívida Ativa (parcelar ou pagar).
A sócia pode sem problema parcelar primeiro a Dívida Ativa. Mas a outra dívida pode ser cobrada do sócio.
Enquanto o CNPJ estiver ativo, continuam gerando obrigações acessórias (declarações) todo mês e todo ano.
Espero ter ajudado.