Olá Alex
O desenquadramento de MEI não altera a natureza jurídica, ou seja, a empresa continua sendo Empresário Individual e apenas muda o regime tributário, podendo inclusive estar no Lucro Presumido sem necessidade de transformação. Quando a Junta exige “ato de consolidação”, ela normalmente quer o Requerimento de Empresário atualizado e completo, substituindo o anterior, e não uma transformação. O problema mais comum é ter iniciado o processo como alteração simples, quando o correto seria “alteração com consolidação”, marcando essa opção no integrador e utilizando o modelo completo de Empresário Individual (não mais o padrão MEI).
A transformação só é necessária se houver mudança de natureza jurídica, como para LTDA ou SLU; caso contrário, não se aplica. Quanto à taxa já paga, se você mudar o tipo de ato (por exemplo, de alteração para transformação), provavelmente será necessário gerar uma nova, pois o reaproveitamento depende das regras da Junta.
Espero ter ajudado
