Olá Daniela
Sim, isso é um problema comum de integração entre a JUCESP (REDESIM estadual) e o Coletor Nacional da Receita Federal, não sendo erro do contador. A viabilidade aprovada precisa ser replicada para a base nacional da REDESIM e, quando essa sincronização falha ou fica travada, o Coletor retorna a mensagem “Protocolo não encontrado”, mesmo com a viabilidade deferida. Na prática, em São Paulo, essa liberação pode levar de 3 a 10 dias úteis, às vezes mais. O que recomendo é: primeiro confirmar se o número do protocolo, o evento do DBE e o município estão corretos; se já passou cerca de uma semana, o caminho mais eficaz é abrir um Dossiê Digital de Atendimento no e-CAC, no serviço REDESIM/CNPJ, anexando o print da viabilidade deferida e do erro apresentado, pois normalmente isso destrava em poucos dias. Caso ultrapasse 10 dias úteis sem solução, aí sim pode ser avaliada a refação da viabilidade como última alternativa.
Espero ter ajudado.