Olá Thiago, tudo bem?
Quando um sócio possui mais de um CNPJ no Simples Nacional, a regra é a seguinte:
Se apenas uma das empresas possui débitos e recebeu Termo de Exclusão, a exclusão atinge somente essa empresa devedora.
As demais empresas em que o sócio participa permaneçam no Simples, desde que estejam regulares e não tenham nenhuma outra vedação.
A exclusão só alcançaria todas as empresas se o motivo fosse alguma vedação do próprio sócio prevista na Lei Complementar 123/2006 — por exemplo, participação em empresa impeditiva, irregularidade de natureza societária, etc.
Mas exclusão por débito é individual, por CNPJ.
Base legal:
A LC 123/2006 trata as hipóteses de exclusão por CNPJ (empresa optante) e não por CPF do sócio. As vedações do art. 3º, §4º, referem-se a impedimentos societários, não a débitos.
Espero ter ajudado.
