Olá Graziella
A exigência ocorreu porque a ata apenas deliberou sobre alterações no quadro societário/administrativo, mas o processo foi protocolado somente como registro de ata, sem o ato societário próprio que efetiva juridicamente essas mudanças. Para correção, é necessário incluir e protocolar juntamente com a ata o ato correspondente (normalmente alteração contratual ou ato de alteração), contendo a formalização da entrada/saída de sócios ou administradores, a nova composição societária e eventuais ajustes de capital, conforme o caso. A Junta registra atos completos, e não apenas decisões, razão pela qual a deliberação deve estar acompanhada do instrumento que a materializa juridicamente.
Espero ter ajudado.