Ola José, tudo bem?
Quando o sócio (empresário individual) falece, a empresa realmente fica sem acesso, porque o responsável legal era ele. Para conseguir voltar a movimentar a empresa, o caminho é o seguinte:
Primeiro, é necessário que exista um inventariante nomeado no processo de inventário (judicial ou em cartório). Esse inventariante passa a ser o responsável pela empresa.
Depois disso, é preciso fazer uma alteração no CNPJ, informando o inventariante como responsável legal perante a Receita Federal. Esse processo é feito via DBE e, em alguns casos, com envio de documentos pelo e-CAC (como certidão de óbito e termo de inventariante).
Com o inventariante vinculado ao CNPJ, ele poderá:
Acessar com certificado digital próprio, ou
Fazer uma procuração para o contador
A partir daí, você consegue acessar normalmente o e-CAC, eSocial, DCTFWeb, FGTS etc.
Então sim, só depois dessa regularização é que será possível:
Fazer as rescisões dos funcionários
Enviar obrigações acessórias em atraso
E até dar baixa na empresa, se for o caso.
Espero ter ajudado.