Olá Franciele, tudo bem?
A filial não possui contrato social próprio. A abertura é feita por meio de alteração do contrato social da matriz, incluindo a cláusula de abertura da filial (endereço, atividades, capital, subordinação à matriz).
Essa alteração é registrada primeiro na Junta Comercial do estado da matriz e, depois, a filial é registrada na Junta Comercial do estado onde irá funcionar, obtendo CNPJ próprio e, em seguida, as inscrições municipal/estadual e alvarás, conforme a atividade.
Quanto à atuação com dois contadores, isso é permitido.
Normalmente:
o contador da matriz fica responsável pela contabilidade geral, alterações contratuais e obrigações consolidadas;
o contador da filial cuida das rotinas locais (tributos municipais/estaduais e obrigações acessórias da filial).
Ponto importante sobre a folha de pagamento:
É recomendável que a folha fique centralizada com um único contador, pois os encargos trabalhistas são unificados por CNPJ raiz. Assim, haverá uma única guia de FGTS, INSS e IR, mesmo existindo matriz e filial.
Manter a folha com mais de um contador pode gerar inconsistências e duplicidades no e-Social, DCTFWeb e FGTS Digital.
Definir claramente quem faz o quê, formalizar isso em contrato e manter alinhamento entre os profissionais para evitar problemas.
Segue link de aula sobre legalização de filial: https://alunos.contabilidadefacilitada.com/121630-lives-legalizacao-de-empresas/4049296-pratica-como-abrir-filial-no-mesmo-estado-e-em-outro-estado
Espero ter ajudado.
