Olá Camila, tudo bem?
No primeiro cenário, em que a fonoaudióloga presta serviços exclusivamente para uma única pessoa jurídica, sem consultório próprio e atuando apenas nas dependências da contratante, em regra, ela não precisa de licença da Vigilância Sanitária nem de cadastro próprio no CNES. Isso porque ela não é considerada um estabelecimento de saúde, e sim uma prestadora de serviços vinculada à estrutura da empresa, sendo a responsabilidade sanitária do local onde o atendimento ocorre (empresa contratante).
Já no segundo cenário, ao passar a atender pacientes por conta própria, mesmo que em sala alugada e inclusive por meio de convênios, ela passa a ser caracterizada como estabelecimento de saúde. Nesse caso, torna-se obrigatória a obtenção da licença da Vigilância Sanitária e o cadastro no CNES, além do cumprimento das demais exigências sanitárias locais.
Espero ter ajudado.