Olá Djalma
Sim, existe relação com fragmentação de receita e o risco é real. Abrir 4 CNPJs (3 para as nutricionistas e 1 para a empresa comum) não é ilegal por si só, mas pode ser questionado pela Receita Federal se a estrutura for apenas uma forma de dividir artificialmente o faturamento para pagar menos tributos. Isso acontece quando há, na prática, uma única operação econômica (mesmo local, mesma estrutura, mesmos clientes, gestão centralizada) disfarçada em vários CNPJs.
Por outro lado, é totalmente viável e seguro se houver autonomia real: cada nutricionista com seus próprios clientes, preços e responsabilidade, e a empresa comum atuando apenas como clínica/estrutura (cobrando aluguel, taxa administrativa ou serviços).
Na prática, a fiscalização consegue identificar padrões de divisão artificial, então o risco não é remoto. O ponto central não é a quantidade de empresas, mas sim se existe substância econômica verdadeira ou apenas uma divisão formal de receitas.
Espero ter ajudado.